民間借貸法律關係有兩個要件：一是雙方形成了借貸的合意；另一個是出借人支付了款項。因此在民間借貸糾紛的訴訟中，如果出借方僅有借條等債權憑證，法院會綜合判斷是否存在借款事實。當被告提出有力抗辯時，法院應當根據借款金額大小、出借人的經濟能力、交付管道、交付憑證、交易習慣、雙方的親疏關係以及當事人的陳述等相關證據，並結合其他證據綜合判斷借款事實是否發生。
被告的抗辯主要有下列幾種情況：
一、被告抗辯雙方並非民間借貸關係
例如在一起糾紛中，王某為李某出具了20萬元的借條，但是經過法院審理，認為，結合雙方當事人的陳述及本院核實的證據可以證實李某給付的20萬元為礦石預付款，並非借款，因為其他原因導致原、被告雙方購銷鐵礦石的目的沒有實現，但後來王某及第三人已經陸續將預付款返還，雙方的權利義務已經終止，囙此李某要求王某償還借款及利息的訴訟請求缺乏事實及法律依據法院不予支持。
這個案例表明，原告以借條起訴的，被告抗辯雙方並非借貸關係，並提出證據證明的，法院按照雙方的基礎法律關係進行審理。
二、被告抗辯借貸行為尚未發生
民事訴訟中存在舉證責任的分配，民間借貸糾紛訴訟也不例外。原告起訴要求償還借款，如僅有借條作為證據，那麼實際上只是完成了初步的舉證。而按照民間借貸法律關係的要件，原告還需證明其支付了款項，履行了借款義務。
由此，被告抗辯借貸行為尚未發生的，例如雖然寫了借條，但是沒有收到借款，並且提供證據或者或者和說明為什麼原告未提供借款的情况下仍然有借條存在，那麼原告應進一步舉證，證明借款已經支付。
當然，實踐中存在原告確實客觀上無法拿出金融憑證的情况，法院應當結合借貸金額、款項交付、當事人的經濟能力、當地或者當事人之間的交易方式、交易習慣、當事人財產變動情況以及證人證言等事實和因素，綜合判斷查證借貸事實是否發生。
三、被告抗辯主張已經償還借款
如果被告抗辯主張已經還款，實際上是有兩個方面的法律效果：一是被告承認借貸關係存在；二是被告已經履行了還款義務。
此時被告須舉證證明其已經還款。如被告提交的證據確能證明，那麼原告要舉證借貸關係依然成立，即被告還款並非本案的借款、被告主張的款項並非還款、被告還款的金額不够借貸的金額等。如被告提交的證據不能證明，則法官一般認定雙方存在借貸關係，被告尚未還款。但還是會綜合金額、交易習慣、當事人財產變動等因素綜合判定，防止虛假訴訟。